ABOUT THIS RECORDspecies: Allium cepa
miRNA family: MIR414
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Allium cepa Allium Allieae Allioideae Amaryllidaceae Asparagales Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCATCATCATCATCATCTTCA miRNA* AATTTGATGATGATGATATCC mismatches: 5 bulges: 0 |
pre-miRNA
GTCCGAGGTTAGAATTTGATGATGATGATATCCTGCTGGTTGCCCCTTCAGTATCATTTGTGCTTGCTGAAACAGACAAGGAAGGAGCAGAAATGATCAT
GCAGAAGATGGGTTTGAGTGGGAAGAATATTATAATCTTCCCTATGAATGGGGACGGTGGAAGCCACTGGAGCACATTAGTCTATTTTCGGAGCATGAGT
ACGTTTGTACATCACGACAGCATGCGCGGGCAGAACAATGATTGCGCCACTAGATTGTATGAGGTCGCCAGTGCGTTTCTCTCATCCCATCTTTCTTCAA
CCAAGCCATCATCATCATCATCATCTTCAAACAAGAGT
dot-bracket secondary structure
.......(((.(((..(((((((((((((.....((((((.((((((((.(((((((((.(((((.((...........))...))))).)))))))...
)).))))..)))).(((..(((((((.((...)).)))))))...(((..((((.((.((((((((((((.((.......(((......))))).(((((
((....)))).)))((((..((((((..(((..............))).......))))))..)))))))))).)))))).)).))))....))).))))
)).)))....)))))))))))))..))).)))......
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
GTCCGAGGTTAGAATTTGATGATGATGATATCCTGCTGGTTGCCCCTTCAGTATCATTTGTGCTTGCTGAAACAGACAAGGAAGGAGCAGAAATGATCAT
GCAGAAGATGGGTTTGAGTGGGAAGAATATTATAATCTTCCCTATGAATGGGGACGGTGGAAGCCACTGGAGCACATTAGTCTATTTTCGGAGCATGAGT
ACGTTTGTACATCACGACAGCATGCGCGGGCAGAACAATGATTGCGCCACTAGATTGTATGAGGTCGCCAGTGCGTTTCTCTCATCCCATCTTTCTTCAA
CCAAGCCATCATCATCATCATCATCTTCAAACAAGAGT
dot-bracket secondary structure
.......(((.(((..(((((((((((((.....((((((.((((((((.(((((((((.(((((.((...........))...))))).)))))))...
)).))))..)))).(((..(((((((.((...)).)))))))...(((..((((.((.((((((((((((.((.......(((......))))).(((((
((....)))).)))((((..((((((..(((..............))).......))))))..)))))))))).)))))).)).))))....))).))))
)).)))....)))))))))))))..))).)))......
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt sp|Q9LSS7|RUBP1_ARATH: 0.00000000008 RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
