ABOUT THIS RECORDspecies: Aquilegia formosa x Aquilegia pubescens
miRNA family: MIR166
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Aquilegia formosa x Aquilegia pubescens Aquilegia Ranunculaceae Ranunculales stem eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCGGACCAGGCTTCATTCC miRNA* AATGTTGTCTGGCTCGAGG mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
TTTGGAAGCTTTCTTTTTGAGAGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGCCACTAACTTAACAACTCTTAATTGAAACTCTATCTATAACCGGTTAGCAAGTGAAAG
CGCTTGTGCGCGCTGGTGTTTGTTTGTTTGTGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAATTACAGTTTCTACT
dot-bracket secondary structure
).((((((((......(((((.((((((..((((((.(((((((.((.(((..(((((........................((((((..(((((((....
)))))))....))))))..))))).))).))))).)))).))))))..)))))).)))))....))))))))..
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
TTTGGAAGCTTTCTTTTTGAGAGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGCCACTAACTTAACAACTCTTAATTGAAACTCTATCTATAACCGGTTAGCAAGTGAAAG
CGCTTGTGCGCGCTGGTGTTTGTTTGTTTGTGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAATTACAGTTTCTACT
dot-bracket secondary structure
).((((((((......(((((.((((((..((((((.(((((((.((.(((..(((((........................((((((..(((((((....
)))))))....))))))..))))).))).))))).)))).))))))..)))))).)))))....))))))))..
SIMILARITIES| miRBase aqc-MIR166e: 3.0E-70 PMRD aqc-miR166e: 3.0E-70 microPC miR166: 6.0E-10 | UniProt no hits RFAM 6mir-166: 4.0E-8 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
