ABOUT THIS RECORDspecies: Avena barbata
miRNA family: MIR1127
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Avena barbata Avena Aveninae Poeae Pooideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ATATACTCCCTCCGTCCAACA miRNA* TTGAAACGGAGGGGGTATAAAA mismatches: 4 bulges: 1 |
pre-miRNA
TGAATCTAAACATCTTATATTTTGAAACGGAGGGGGTATAAAATAATTTACACATGATCAACGCTGGGTTGTTCTGGGGTCTGAAGATAGTAAATATGCCA
CTTCTCACAGACAAATCTGTGTCTATGCCTAAATAAAAGGATCACCCATATTCTTAATAAAATTTCTATGCTTAGACAAGAGTCTTCTACGACAGCAAAC
GAAACCTGTGAAGTGGCAACATGGAGGCTGGCAGCAAGGGCATAGCTTCACCAACCTAAGCATATACTAAGGAGGACGCCGCATATCAGCAGGGATCAAG
CTAGCATGTAGTAAATATGACCTGTCAGTGAAACAAGACAGAAAAGAATCAGCATAGCATGTGAATACAGAACATGGAAGGAACTTTTTTAAAGGTGATT
TCAACACAGTAGAATGAATAGAAGAGGTGTCTTACATGTAATCTGGAGATGAGAAGAGTAGTTAGCTAAGCAATTATACGATACCTTATATACTCCCTCC
GTCCAACAAAAGATGTCGGAGTCGTAGT
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD bsy-miR1122: 1.0E-7 microPC no hits | UniProt no hits RFAM 2MIR1122: 2.0E-6 | most similar mature miRNAs |
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