ABOUT THIS RECORDspecies: Avena barbata
miRNA family: MIR444
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Avena barbata Avena Aveninae Poeae Pooideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGTTGTCTCAAGCTTGCTGCC miRNA* CGGCAAGCTCGAGGCAACAAC mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
AAGCGTCGGCGTGCCAGTTGCTGCAAGTGGAGGCGGCAAGCTCGAGGCAACAACTGCACAATTTGCAAGAATATCCCACTGCAGGCACGATGGCATTACTC
CATCTGCATGGAAGCCCATGAATCCAGCCCCATTGTGCGAATTCTGGCCCGTCAATAGAGGAACACGGGTGTGTGACTAGAGACGTAGAAGTGCAAACTC
TGGCCCGTCAATGGAGGAGCACGGGTTTTCGGGCCATACCGATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGA
ACTACATAATTTGAAA
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase osa-MIR444c: 4.0E-31 PMRD pvi-miR444: 9.0E-29 microPC miR444: 5.0E-24 | UniProt sp|Q6EP49|MAD27_ORYSJ: 1.0E-5 RFAM 4MIR444: 2.0E-27 | most similar mature miRNAs |
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