ABOUT THIS RECORDspecies: Brassica napus
miRNA family: MIRf419
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Brassica napus Brassica Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CCCACAGCTTTSTTGAGCTTT miRNA* AGTTCAAGAAAGCTGTGGAAA mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
AACCCTGAATTGTCATGTTTTCCCACAGCTTTSTTGAGCTTTTTTTTTSTAGAGTGTTAAATGTTAGAGATTTTTAGTTATTTAATTTCGCTSTAAAATA
AGGGAAATGAAAAAGAAAGTTCAAGAAAGCTGTGGAAAAATATAACCAGGATCTTC
dot-bracket secondary structure
...((((....((.(((((((.((((((((((.((((((((((((((..(.(((((.((((.(((...))).))))..))))).(((((.((.((...))
.)))))))).)))))))))))))).)))))))))).))))))).))))))......
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
Source sequences
download this record
AACCCTGAATTGTCATGTTTTCCCACAGCTTTSTTGAGCTTTTTTTTTSTAGAGTGTTAAATGTTAGAGATTTTTAGTTATTTAATTTCGCTSTAAAATA
AGGGAAATGAAAAAGAAAGTTCAAGAAAGCTGTGGAAAAATATAACCAGGATCTTC
dot-bracket secondary structure
...((((....((.(((((((.((((((((((.((((((((((((((..(.(((((.((((.(((...))).))))..))))).(((((.((.((...))
.)))))))).)))))))))))))).)))))))))).))))))).))))))......
SIMILARITIES| miRBase bna-MIR396a: 4e-44 PMRD bna-miR396a: 4e-44 microPC miR396: 0.0000003 | UniProt no hits RFAM MIR396: 0.0000000000003 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
Source sequences
download this record
