ABOUT THIS RECORDspecies: Brassica napus
miRNA family: MIR1439
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Brassica napus Brassica Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTTTGGAACAGAGGGAGTAAA miRNA* TATTCCTTCTGTTTCAAAATA mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
AAGATAAAAGGATATTCCTTCTGTTTCAAAATATTTGATGTTTTAAGTGTATGCACAAGAATTAAGTTATACACTTTTTCTTAAAAATAACATTAAAAAT
ATAAACCAAAATTAATTAATCTAATCCTTAAAAATAAATATAAAACATCACTGGTCACACAGTTTTCAATAAAATTTTAACATTTCTAAAACATCATCTA
TTTTGGAACAGAGGGAGTAAAATATAAGAC
dot-bracket secondary structure
............(((((((((((((((((((((..(((((((((((((((......(((((..((((.....)))).))))).(((((...(((.(((((
....((((...........................................))))......))))).)))...))))).)))))..))))))))))..))
)))))))))))))))))))...........
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
AAGATAAAAGGATATTCCTTCTGTTTCAAAATATTTGATGTTTTAAGTGTATGCACAAGAATTAAGTTATACACTTTTTCTTAAAAATAACATTAAAAAT
ATAAACCAAAATTAATTAATCTAATCCTTAAAAATAAATATAAAACATCACTGGTCACACAGTTTTCAATAAAATTTTAACATTTCTAAAACATCATCTA
TTTTGGAACAGAGGGAGTAAAATATAAGAC
dot-bracket secondary structure
............(((((((((((((((((((((..(((((((((((((((......(((((..((((.....)))).))))).(((((...(((.(((((
....((((...........................................))))......))))).)))...))))).)))))..))))))))))..))
)))))))))))))))))))...........
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC miR1439: 0.00005 | UniProt no hits RFAM MIR1122: 0.00005 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
