ABOUT THIS RECORDspecies: Brassica napus
miRNA family: MIR159
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Brassica napus Brassica Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA miRNA* GAGCTCCTTAAAGTTCAAACG mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
AAATACAGAAGTAGAGCTCCTTAAAGTTCAAACGAGAGTTTAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGGATCCCATAAGCCCTAACCTTAAACATAG
AAAAAGGATTTTGGTTATATGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATGGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTTT
CAA
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase aly-MIR159a: 7e-81 PMRD bra-miR159a: 2e-71 microPC miR159: 1e-100 | UniProt no hits RFAM MIR159: 2e-72 | most similar mature miRNAs |
Identical with: miR159 from microPC (MNEST045981) |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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