ABOUT THIS RECORDspecies: Brassica napus
miRNA family: MIRf172
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Brassica napus Brassica Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GCCAGAATCGGCAGCTAAAGT miRNA* TTTATTTGTTTTGTTTTGGCCG mismatches: 4 bulges: 1 |
pre-miRNA
GAGCAGCTTGAGCCAGAATCGGCAGCTAAAGTCACGGGAATGCTTCTTGAAATGGACCAAACCGAAGTACTTCACTTGCTGGAATCTCCTGATGCACTTA
AAGCTAAAGTTGCAGAGGCAATGGATGTTCTGAGGAGTGTAGCTCAGCAGCAGCAAGCTGGTGGTGCAGCTGATCAGTTAGCTTCTCTGTCTCTTGGAGA
CAACATCGTACCTTGAGTTATAAGTACTTTGTTTGTCCATGTGGAGAATCAGATACAAAGAGTGGTTCTTGAAAGTTTTGGATTTCAATGTTTTATTTGT
TTTGTTTTGGCCGAGAGCTTT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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GAGCAGCTTGAGCCAGAATCGGCAGCTAAAGTCACGGGAATGCTTCTTGAAATGGACCAAACCGAAGTACTTCACTTGCTGGAATCTCCTGATGCACTTA
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CAACATCGTACCTTGAGTTATAAGTACTTTGTTTGTCCATGTGGAGAATCAGATACAAAGAGTGGTTCTTGAAAGTTTTGGATTTCAATGTTTTATTTGT
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt sp|P42731|PABP2_ARATH: 1e-16 RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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