ABOUT THIS RECORDspecies: Citrus sinensis
miRNA family: MIR166
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Citrus sinensis Citrus Rutaceae Sapindales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCGGACCAGGCTTCATTCC miRNA* AATGTTGTCTGGCTCGAGG mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
AGGGTTAATTGGGAAGCTTTTTCTTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGCCACTAACTAGATCTTTGATTTAATCTCAGTTGATCATATATTTGTTT
CATTTTTCTTCCATAAAATTTAATTATATTGAGATACCCATCATTGATCTTAAGATAATTAAGTTAGTGACGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATAA
TTGCTTCTATCTGCTATGATA
dot-bracket secondary structure
..(((......((((((..((....(((.((((((((..((((((.((((...((((((((.((((.((((.......))))..))))....((((....
...............)))).(((((((.(((((((...........))))))).)))))))))))))))...)))).))))))..)))))))).))).))
..))))))....)))......
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
AGGGTTAATTGGGAAGCTTTTTCTTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGCCACTAACTAGATCTTTGATTTAATCTCAGTTGATCATATATTTGTTT
CATTTTTCTTCCATAAAATTTAATTATATTGAGATACCCATCATTGATCTTAAGATAATTAAGTTAGTGACGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATAA
TTGCTTCTATCTGCTATGATA
dot-bracket secondary structure
..(((......((((((..((....(((.((((((((..((((((.((((...((((((((.((((.((((.......))))..))))....((((....
...............)))).(((((((.(((((((...........))))))).)))))))))))))))...)))).))))))..)))))))).))).))
..))))))....)))......
SIMILARITIES| miRBase ctr-MIR166: 8e-124 PMRD ptc-miR166a: 8e-16 microPC miR166: 8e-90 | UniProt no hits RFAM mir-166: 0.0000000000002 | most similar mature miRNAs |
Identical with: miR166 from microPC (MNEST044795) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
