ABOUT THIS RECORDspecies: Citrus unshiu
miRNA family: MIR398
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Citrus unshiu Citrus Rutaceae Sapindales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGTGTTCTCAGGTCACCCCT miRNA* GAGTGAACCTGAGAACAGAGG mismatches: 2 bulges: 1 |
pre-miRNA
TTGCAACAGATGTGAACCCCAGAGGAGTGAACCTGAGAACAGAGGGTGGCGTTGGCTTAAATTTGATTTGCATTGCTGCTGCCTGCTCCTGCCATACATTA
AATCAAAAAGATTGTATGTGGCCAACGCACCTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGGAATTCAATTGTCAAT
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase csi-MIR398: 6.0E-87 PMRD vvi-miR398a: 1.0E-7 microPC miR398: 5.0E-69 | UniProt no hits RFAM 8MIR398: 1.0E-8 | most similar mature miRNAs |
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