miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse
Home
Browse miRNAs
Deep-seq predictions
Mirtrons
miRNA genes
Degradomes
Download
Upload
Contact
Back to search results
ABOUT THIS RECORD
ID:
MNEST000503
species:
Curcuma longa
miRNA family:
MIR167
source:
miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Curcuma longa
Curcuma
Zingiberaceae
Zingiberales
commelinids
Liliopsida
Magnoliophyta
Spermatophyta
Euphyllophyta
Tracheophyta
Embryophyta
Streptophytina
Streptophyta
Viridiplantae
Eukaryota
cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
TGAAGCTGCCAGCATGATCTG
miRNA*
GATCATCTGGCAGTTTCAAT
mismatches:
0
bulges:
1
View larger
pre-miRNA
TTGAATTGTTGGAATGAAGAGGT
TGAAGCTGCCAGCATGATCTG
GTCATGTAGTTCCTTCTGCTTGCCTTTTCTTTGAAAGATTTTCGCTAAAAAAAAGT
CATCTTTAATTCGAGTGTTTCATCGCATCAATTCTTTTTTCACGTTGTAACTAGTTTTAAGTTTTGCCGCCTTCTCTCCTTCCTTGGTATCTCTATATTA
AATCTTCGAAATGAATTCTGCAGAGTTTCAATCTGATTTCTATTAGAAAAGAAAAGAAACAAAAAAAAATTTAGTGTTCGTGTTTGCAGGTATCTGTGGA
AGAAATAGTGCAAGTTTTGATTTCTCAGGAATTAAGGATAAAGAAACTTTAATTATCTAAAAGTCTAATAATGATTGATCAAATAATTAAATTTTCCCTT
AAATTCAAGAGAGCGAAGAGGAGTAGGCATACCTTGTTTTCATTTCATCA
GATCATCTGGCAGTTTCAAT
CCCTCAATTCACCAACAGAA
dot-bracket secondary structure
.....(((((((..(((((((((
((((((((((((.((((((((
((.(((.((.......(((((((.(((((((((.(((((((.(((((.(((((((.
.....((.((.(((........))).)).))..)))))))..((.((.((((.......)))).)).))..((((.(((......(((((((......((
(((...((((.((((((.......(((((..(((..(((((...))))))))...))))).......))))))...)))).))))).)))))))...)))
)))).))))).)))))))...(((((..(((((((((.....((((.(((((((((.....((((.......))))......))))))))).))))))))
.)))))..)))))))))))))))))))))........)).)))...))))
))))))))))))))))))).
.))))..)))))))))))..
SIMILARITIES
miRBase
sbi-MIR167c
:
0.000000007
PMRD
vvi-miR167a
:
0.000000007
microPC
miR167
:
0.00003
UniProt
no hits
RFAM
MIR167_1: 0.0000001
most similar mature miRNAs
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction:
true miRNA
Source sequences
download this record