ABOUT THIS RECORDspecies: Helianthus tuberosus
miRNA family: MIR414
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Helianthus tuberosus Helianthus Heliantheae Heliantheae alliance Asteroideae Asteraceae Asterales campanulids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCCTCCTCATCATCATCTTCT miRNA* CATTGATGATGGGAGAAGAGA mismatches: 4 bulges: 2 |
pre-miRNA
ATTGTCTTCACTTGAACCCTTCATCATCACATTCATTAACTTTCCTTTATATTTACCTTTAAATTTCTTCCTCCTCCTCATCATCATCTTCTTCATCTCA
ACAAAATGAGAAAAGCTTAGAGCTTTTTTCAGTAGGAGCAGCAGCAGTAACAACCAATTAATTCAACACCAACCACTTTCACCTACGAATCCTTAACTTC
AAACTCACAAATCTTGGGTTGATTTTCAAGTAACAAAAAAACACAAAAATGGATTCATATGAAGCAACAAGAATTGTGTTCACAAAGCTCCAAACTTTAG
ACCCTCAAAACGCATCCAAAATCATGGGTCTTCTTCTCATTCAAGATCACGGTGAAAATGAAATGATTCGGATGGCCACTGCTGCAACAGCATTGATGAT
GGGAGAAGAGATGAACAACTTCGGTCGGTTAAGAAACGATTTCTTGATGGGTATGGTAAACCCGGGTTCGAGGCAAATT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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ATTGTCTTCACTTGAACCCTTCATCATCACATTCATTAACTTTCCTTTATATTTACCTTTAAATTTCTTCCTCCTCCTCATCATCATCTTCTTCATCTCA
ACAAAATGAGAAAAGCTTAGAGCTTTTTTCAGTAGGAGCAGCAGCAGTAACAACCAATTAATTCAACACCAACCACTTTCACCTACGAATCCTTAACTTC
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ACCCTCAAAACGCATCCAAAATCATGGGTCTTCTTCTCATTCAAGATCACGGTGAAAATGAAATGATTCGGATGGCCACTGCTGCAACAGCATTGATGAT
GGGAGAAGAGATGAACAACTTCGGTCGGTTAAGAAACGATTTCTTGATGGGTATGGTAAACCCGGGTTCGAGGCAAATT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt sp|Q9SV09|C3H46_ARATH: 0.0000000000005 RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
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