ABOUT THIS RECORDspecies: Hordeum vulgare
miRNA family: MIRf341
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Hordeum vulgare Hordeum Triticeae Pooideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CTCCGTTCCTAAATATAAGTC miRNA* CATATATTTAGGAACGGAGG mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
CCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAGGAGGTTCCACTAGNATATATATATAGACATACTTTACAGTGTAGATTCATTCATTTTGCTTCGTATGTAC
TCCCTCTGTTCCTAAATATAAGTCCTTTAAAGATTCCACCAGGGNACTACATACGGAGCAAAATGAGTCAATCTACACTCTAAAGTATATCTTTGTACAT
CCGTATGTAGTTTGTAGTGTAATGTCTAAAAAGACATATATTTAGGAACGGAGG
dot-bracket secondary structure
.((((((((((((((((((.(((((((((((..(((.((((((.(((((((((.(((.((((((((.((((((((((.(((((((((((((((((((((.
.((((.((.((.((((.........))))..))...))..))))...))))))))))))))))))))).)))))))))).)))))))).))).))))...
...)))))..)...))))).))).))))))))))).))))))))))))))))))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
Source sequences
degradome data
download this record
CCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAGGAGGTTCCACTAGNATATATATATAGACATACTTTACAGTGTAGATTCATTCATTTTGCTTCGTATGTAC
TCCCTCTGTTCCTAAATATAAGTCCTTTAAAGATTCCACCAGGGNACTACATACGGAGCAAAATGAGTCAATCTACACTCTAAAGTATATCTTTGTACAT
CCGTATGTAGTTTGTAGTGTAATGTCTAAAAAGACATATATTTAGGAACGGAGG
dot-bracket secondary structure
.((((((((((((((((((.(((((((((((..(((.((((((.(((((((((.(((.((((((((.((((((((((.(((((((((((((((((((((.
.((((.((.((.((((.........))))..))...))..))))...))))))))))))))))))))).)))))))))).)))))))).))).))))...
...)))))..)...))))).))).))))))))))).))))))))))))))))))
SIMILARITIES| miRBase tae-MIR1122: 3e-28 PMRD tae-miR1122: 3e-28 microPC miR1436: 1e-21 | UniProt no hits RFAM MIR1122: 1e-30 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
Source sequences
degradome data
download this record
