ABOUT THIS RECORDspecies: Panicum virgatum
miRNA family: MIRf10
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Panicum virgatum Panicum Paniceae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ATTCGTCTCGCGATTTACAAC miRNA* TGTAAATCACGAGACGAATCT mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
AATTTCAAGTACTAAATGAAATTTATTTACAAAACTTTTTACACAGATGGATTGTAAATCACGAGACGAATCTAATGATACTAAGTAATCCATAATTAGC
GGATGGTTACTGTAGCAGCACTGTTGCAAATCATGAATTAAATAGTCTCATTAGATTCGTCTCGCGATTTACAACCCATTCATACAAAAAGTTTTATAAA
TAAATTTCATTTAGTATTTCATAT
dot-bracket secondary structure
......(((((((((((((((((((((((.((((((((((.....(((((.(((((((((.(((((((((((((((((.((((..((((.(((.(((.((
(.(((((..(((...))).)))))))).))).))).))))..)))).))))))))))))))))).))))))))).))))).....)))))))))).))))
))))))))))))))))))).....
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
AATTTCAAGTACTAAATGAAATTTATTTACAAAACTTTTTACACAGATGGATTGTAAATCACGAGACGAATCTAATGATACTAAGTAATCCATAATTAGC
GGATGGTTACTGTAGCAGCACTGTTGCAAATCATGAATTAAATAGTCTCATTAGATTCGTCTCGCGATTTACAACCCATTCATACAAAAAGTTTTATAAA
TAAATTTCATTTAGTATTTCATAT
dot-bracket secondary structure
......(((((((((((((((((((((((.((((((((((.....(((((.(((((((((.(((((((((((((((((.((((..((((.(((.(((.((
(.(((((..(((...))).)))))))).))).))).))))..)))).))))))))))))))))).))))))))).))))).....)))))))))).))))
))))))))))))))))))).....
SIMILARITIES| miRBase osa-MIR2124a: 0.0002 PMRD osa-miRf10310-akr: 0.00000001 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
