ABOUT THIS RECORDspecies: Panicum virgatum
miRNA family: MIR159
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Panicum virgatum Panicum Paniceae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG miRNA* GAGTTCCCTTCCTTCCAATGA mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
AGCTGCTGCTTGGATTTGAAGCGGAGTTCCCTTCCTTCCAATGAAGGGTCGTTCTGAAGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCT
CATCGGCTTTGAGAGCGCGAGAGATTGTGAGGTCCGGTGAGATGGTTGGCTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGGCCGAGGAGCTGCATCGTCCCCTCG
TTGACCGCTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTCCATCCTCCCGTATA
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase sof-MIR159e: 1e-33 PMRD sof-miR159e: 1e-33 microPC miR319: 1e-18 | UniProt no hits RFAM MIR159: 2e-29 | most similar mature miRNAs |
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