ABOUT THIS RECORDspecies: Pinus taeda
miRNA family: MIR1313
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Pinus taeda Pinus Pinus Pinaceae Coniferales Coniferopsida Coniferophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TACCACTGAAATTATTGTTCG miRNA* AACAATAATTTCAGTGGAAGA mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
CTCCTCTTCCCGGTGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACACCTGCAATTCATGGATGTATACTGCCGTGGTATCGCCAGTCTAACCTAGT
TGCAGGGTTGCAACACATGGCATGGTGGGGGATCTATTGGGCAATAACCAAGTTGCATGGGTGTATTTATCCAACAATAATTTCAGTGGAAGACTTCCAT
CGATCTGGAAG
dot-bracket secondary structure
.....(((((((((((...(((.(((((((((((((((((.((((..((((((((((((..(((...(((..((((((((..(((((((((.......((
((((....))))))....))).)))))).....))))..))))))).)))))))))..))))))..)).)).))))))))))))))))).)))...))))
))....)))))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
CTCCTCTTCCCGGTGGTATTCTACCACTGAAATTATTGTTCGAAATAACACCTGCAATTCATGGATGTATACTGCCGTGGTATCGCCAGTCTAACCTAGT
TGCAGGGTTGCAACACATGGCATGGTGGGGGATCTATTGGGCAATAACCAAGTTGCATGGGTGTATTTATCCAACAATAATTTCAGTGGAAGACTTCCAT
CGATCTGGAAG
dot-bracket secondary structure
.....(((((((((((...(((.(((((((((((((((((.((((..((((((((((((..(((...(((..((((((((..(((((((((.......((
((((....))))))....))).)))))).....))))..))))))).)))))))))..))))))..)).)).))))))))))))))))).)))...))))
))....)))))
SIMILARITIES| miRBase pta-MIR1313: 7e-78 PMRD pta-miR1313: 7e-78 microPC miR1313: 2e-93 | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
Identical with: miR1313 from microPC (MNEST046030) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
