ABOUT THIS RECORDspecies: Pinus taeda
miRNA family: MIR1316
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Pinus taeda Pinus Pinus Pinaceae Coniferales Coniferopsida Coniferophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCCATACACAAACCATTGGAA miRNA* CCAATGGTTTGTGCAAGGAAG mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
AAGGTGTAAAAGAAAAGATCTTCCATACACAAACCATTGGAATCCTTCTTATTCTGCAATTGGATTGGGAAGAAGATGCATTGAAGAATGAATTTTCGTT
AGCCCCAAAAGTAAGATCCTGACTAACTACTGGTACTCGATGATTGTTTGTCTGGAGTCTTTGTTGTCTTGTTCGTACCATGACCCTCAACTTTTTCTCA
TTTGGTCCAGTTTCTATTCATGAATACTTAGTCTTTGTTCGCTTCTTCGTACCATGACCCTGAACTTTTTCTCATTTGGTCCGGTTTCCACTCATAAATA
ATTAGTGTTTGTTATTAAGATCATGGTTCGTTAGTTTTGCAGAGTTGTTGTTTGCTTCTTCGTACCATGACTCTCATCTTTTTCTCATTTGGTCCAGTCC
CCACTGATAAGTGGCTAGTATTTCTTTTAAGATCATGGTTGATTGGTAATGTGAGGAAAACAGGTTCCAATGGTTTGTGCAAGGAAGATCTTTTTGCTAG
CAAAT
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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SIMILARITIES| miRBase pta-MIR1316: 9e-33 PMRD pta-miR1316: 9e-33 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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