ABOUT THIS RECORDspecies: Pinus taeda
miRNA family: MIR948
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Pinus taeda Pinus Pinus Pinaceae Coniferales Coniferopsida Coniferophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCAGGCTGTGTGGGATCCGG miRNA* GGATCCTACAAACCCTGTTT mismatches: 4 bulges: 0 |
pre-miRNA
TGGTTAATAGAAGTCATGAAATCAGGCTGTGTGGGATCCGGTAACGCCACAGAGTAAGATAGCAGCGTCAAAGTGACTGTAGGCATTGGTGGATAAAGTG
AAGCGGTATTGATGAGGCCTCACATTGTCCACCGATGCCTACAGCCACTTTGACGTTCTCATCTGATTTTATGACGGCCTCACTTCCTCCGCCAATGCCT
GAGGCGGTGTCATCTGTTTTTGCGGCATTACCGGATCCTACAAACCCTGTTTTCATGGGTTAAAATTAGG
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase pta-MIR948: 1e-141 PMRD pta-miR948: 1e-141 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
Identical with: pta-miR948 from PMRD (MNEST051576) |
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