ABOUT THIS RECORDspecies: Populus nigra
miRNA family: MIRf203
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Populus nigra Populus Saliceae Salicaceae Malpighiales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGAGGTGCAGGTGCAGGTGC miRNA* ATTTGCACCTGCATCTTTTGC mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
TCTCATGCATGCCAATATGTTGCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTTTGCGTTTGTTTTGTTTTTGACTCCACAAACAAAATCAAGTTCTGTCGAT
ACAGTATGTGGGACAATTAGATATAGAGTGTTAGATATGGAAACTAATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAGGTGCAGGTGAATGCCATTTTGGTAATG
TTTTCAC
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase ptc-MIR530b: 2e-72 PMRD ptc-miR530b: 2e-72 microPC miR1030: 4e-82 | UniProt no hits RFAM MIR530: 3e-71 | most similar mature miRNAs |
Identical with: miR1030 from microPC (MNEST045830) |
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