ABOUT THIS RECORDspecies: Populus x canadensis
miRNA family: MIRf1017
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Populus x canadensis Populus Saliceae Salicaceae Malpighiales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CTTTATCTGCATTTGCACCTG miRNA* GGTGCAAGTGCAGGTGAATGC mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
CTCATGCATGCCAATATGTTGCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTTTGCGTTTGTTTTGTTTTTGACTCCACAAACAAAATCAAGTTCTGTCGATAC
AGTATGTGGGACAATTAGATATAGAGTGTTAGATATGGAAACTAATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAAGTGCAGGTGAATGCCATTTTGGTAATGTT
TTC
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase ptc-MIR530b: 6.0E-75 PMRD ptc-miR530b: 6.0E-75 microPC miR530: 3.0E-80 | UniProt no hits RFAM 0MIR530: 1.0E-73 | most similar mature miRNAs |
Identical with: miR530 from microPC (MNEST046279) |
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