ABOUT THIS RECORDspecies: Pseudoroegneria spicata
miRNA family: MIR2673
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Pseudoroegneria spicata Pseudoroegneria Triticeae Pooideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCTCTTCCTCTTCCTCTTCTC miRNA* GAAGAGAAGAGAAGAAAAG mismatches: 3 bulges: 2 |
pre-miRNA
ATTTCTTCCACCTCTCTTTCTTCTCTTCCTCTTCCTCTTCTCCGCTTCCGAACCTCTTCCTCCTCCGAGCGAGCTCTCCCAGAAGCAATCGAGCGAGCAG
CTTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCTTCTTGGTCTTGGCGAGCAGGGAGGGGTGCTCGCACCAACTCTGCCGGCGGGCCGGACCGGGCAGGGGATAGGA
TCTGAAGAAGCTTCAGAGGCAAGACGATCGATCCATCTTGGGGTTGGAATCCTGTCGTGGTGATCGATCGAGCTCCATGATGAATGTGCTCTCCAGCGGC
AACCCCCAGAACCTGCGCATAATCCATCACCATCAACACGATATTTTATTATGTCCACGGCGGAGCAGCTCAGGCCAGCTCGCTGTCAACGCACATCCTC
CTAGCCTCACCCGCGCGAGGAGGCCTTCTTCTAGCTCCTTCCGCCGAGGCGCAGTCGTCGCCGTGAAAGCCGTCGCCGACGGCGGCGGCGAATCCAGCAG
CGGCAAAGACGACGACGACGACGACGATGAAGAGAAGAGAAGAAAAGATGACGAGGAGGGCATGT
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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CTAGCCTCACCCGCGCGAGGAGGCCTTCTTCTAGCTCCTTCCGCCGAGGCGCAGTCGTCGCCGTGAAAGCCGTCGCCGACGGCGGCGGCGAATCCAGCAG
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dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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