ABOUT THIS RECORDspecies: Raphanus raphanistrum
miRNA family: miR824
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Raphanus raphanistrum Raphanus Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CCTTCTCATCGATGGTCTAGA miRNA* TAGACCATTTGTGAGAAGGGG mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
GACAGGTTTGCTCGAGTTGTCTCTCATATCTAGACCATTTGTGAGAAGGGGTTTTATAGGTGCACCTCACCAATCTCTAAATGACTAAATATACAATTAG
TATTAGGCTCATATAAGGAAGTTAACTTCTATACATAAAGTGCACTGATGACTTTTCCAGATGCTATATAGATACTTTTTAGAATTAGGTCATGCCGAGT
CTCCAACTCATATATAATCGTATACACTTTTGGACATACATTTTCCCTAAGAGATGCCAAACTTCTGTCTGGAGTGGAGCTTTCTCGTGATAGCTCATAA
TTTGTAGCTTGCACAACTTAAGCTACACTAGTTTACTTGATAAAAAAATTGAGTGGAGTGGGGGAGGTGCTGGATTATTTCCCCTTCTCATCGATGGTCT
AGATTTGCGAGGTGACTCTAATAGTGGTAA
dot-bracket secondary structure
.............((((((((((.((.((((((((((((.(((((((((((....((((..(((((((.((..(((.((.((((((.(((((.......)
)))).)).)))).)).)))(((..((((.........))))..))).((((((((((.(((...(((....)))...))).)))..))))))).((....
(((((.((((......((((..((.(((.((((.(((...((((....)))).)))))))(((((.....))))).(((((.((....)).)))))....
..(((((((((.......)))))))))..))).))..))))........))))))))).)))))))))))....))))..))))))))))).))))))))
)))).)).))))))))))............
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
GACAGGTTTGCTCGAGTTGTCTCTCATATCTAGACCATTTGTGAGAAGGGGTTTTATAGGTGCACCTCACCAATCTCTAAATGACTAAATATACAATTAG
TATTAGGCTCATATAAGGAAGTTAACTTCTATACATAAAGTGCACTGATGACTTTTCCAGATGCTATATAGATACTTTTTAGAATTAGGTCATGCCGAGT
CTCCAACTCATATATAATCGTATACACTTTTGGACATACATTTTCCCTAAGAGATGCCAAACTTCTGTCTGGAGTGGAGCTTTCTCGTGATAGCTCATAA
TTTGTAGCTTGCACAACTTAAGCTACACTAGTTTACTTGATAAAAAAATTGAGTGGAGTGGGGGAGGTGCTGGATTATTTCCCCTTCTCATCGATGGTCT
AGATTTGCGAGGTGACTCTAATAGTGGTAA
dot-bracket secondary structure
.............((((((((((.((.((((((((((((.(((((((((((....((((..(((((((.((..(((.((.((((((.(((((.......)
)))).)).)))).)).)))(((..((((.........))))..))).((((((((((.(((...(((....)))...))).)))..))))))).((....
(((((.((((......((((..((.(((.((((.(((...((((....)))).)))))))(((((.....))))).(((((.((....)).)))))....
..(((((((((.......)))))))))..))).))..))))........))))))))).)))))))))))....))))..))))))))))).))))))))
)))).)).))))))))))............
SIMILARITIES| miRBase bra-MIR824: 0.00000000000003 PMRD bra-miR824: 0.00000000000003 microPC no hits | UniProt no hits RFAM MIR824: 0.0000000000005 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
