ABOUT THIS RECORDspecies: Saccharum officinarum
miRNA family: MIR1439
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Saccharum officinarum Saccharum officinarum complex Saccharum Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ATTTGGAACAGAGGGAGTATA miRNA* TGCTCTCCTGTTCTAAAACT mismatches: 2 bulges: 1 |
pre-miRNA
ATGACTTACAATTTGGAACAGAGGGAGTATAATTCTTTTAGTTGTCCTAAGGGACTTACAATTGGGCACACATGGACTATATTTCACTTCATTTTTGACA
TACATATAGAAATGTACTTTCATAGTGCATGTCTTTGATAATGCATATATTACTTTATTTTTGTATCAACTGGGGCGCAGTTATACGAGTTTGACATTAT
ACAAATCTTATACAACTTACTATTTGGAACGGAGGGAGTTTAGTCTTATCTAACTATGGTAATCTCATCTTTGTGAACTCATTATGACTTTAGCATGTTG
CTTCATATGTATTTGACTCGGCGTATACTTGAAAAATGATCAACGGGTCACTTGGTGTATCCTCCACTTGAGAGGCCTATGACTAATTATGGAACCCTCA
TGCTGACATGGCCATGTGAGTAACGCCTTAAAATGAATGGTGCTCTCCTGTTCTAAAACTAATGCCA
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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SIMILARITIES| miRBase ssp-MIR437b: 0.000000006 PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM MIR1122: 0.0005 | most similar mature miRNAs |
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