ABOUT THIS RECORDspecies: Saccharum officinarum
miRNA family: MIRf341
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Saccharum officinarum Saccharum officinarum complex Saccharum Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CTACTCTCTCCGTTCCAAATT miRNA* TTTGGAACGGAGGGAGTACAT mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
CTATTTGATTTCTACTCTCTCCGTTCCAAATTATAAGCCGCTTTGACTTTTTTTTGGTACATCCATTTTGCTATGCACCTAGATATAATATTATGTCTAG
ATACATAGCAAAATGAATGAACCAAAAAAGTCAAAGCGACTTATAATTTGGAACGGAGGGAGTACATGCAAAACT
dot-bracket secondary structure
...((((.....(((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((..((((.(((.((((((((((((...(((((((((....)))))))))
...)))))))))))).))).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))....))))...
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
CTATTTGATTTCTACTCTCTCCGTTCCAAATTATAAGCCGCTTTGACTTTTTTTTGGTACATCCATTTTGCTATGCACCTAGATATAATATTATGTCTAG
ATACATAGCAAAATGAATGAACCAAAAAAGTCAAAGCGACTTATAATTTGGAACGGAGGGAGTACATGCAAAACT
dot-bracket secondary structure
...((((.....(((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((..((((.(((.((((((((((((...(((((((((....)))))))))
...)))))))))))).))).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))....))))...
SIMILARITIES| miRBase tae-MIR1137: 0.0005 PMRD tae-miR1137: 0.0005 microPC miR1439: 0.0001 | UniProt no hits RFAM MIR1122: 3e-43 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
