ABOUT THIS RECORDspecies: Saccharum officinarum
miRNA family: MIR1439
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Saccharum officinarum Saccharum officinarum complex Saccharum Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTTTGGGACGGAGGGAGTACG miRNA* TACTACCTCCGTCTAAAAAAG mismatches: 4 bulges: 0 |
pre-miRNA
CAGTACATCTGTTACTACCTCCGTCTAAAAAAGAATGTAACCTAAAGATTCTTAATTTTGACTAAATACAAATAAAAACATATTAATGCTTATAATGTGT
AATAAGTATAATTAGATTAGTTATGAAATATAGTTTTATAATAAACCTAATTAGAGATTAAAATGTAAATAATATCATCTATAAACTTAGTCAAATTTAA
AGATTCTTTGACTCCTCAAAAACCGAGATTTACATGCTTTTTGGGACGGAGGGAGTACGAAAAAAACA
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase ssp-MIR1128: 3e-93 PMRD osa-miRf10422-akr: 0.00005 microPC miR1439: 0.00005 | UniProt no hits RFAM MIR1122: 0.0003 | most similar mature miRNAs |
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