ABOUT THIS RECORDspecies: Solanum torvum
miRNA family: MIR169
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Solanum torvum Solanum Solaneae Solanoideae Solanaceae Solanales lamiids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TAGCCAAGGATGACTTGCCTA miRNA* GGCAGTTATCCTGGCTATA mismatches: 0 bulges: 2 |
pre-miRNA
CTGAAATGTTAAGAAGAGAGACCTTACCTGAAGTGAAGAGTCTTTGTTTATTAGCCAAGGATGACTTGCCTACATACCTTTCCTCCCACAAGGATATTAT
TTCTCTAATTTCCCTTTTGGGGTTGCTATGCTAGGCAGTTATCCTGGCTATATTGACAGGCTATTCCTCATCATGTTAGGCCTCTTCTTCTCATAGTTAT
dot-bracket secondary structure
.....(((..((((((((...(((.((.(((((.(((.((((..((((...((((((.((((((((.(((((((((.......(((((.((((..((((.
.....))))...)))).)))))....)))).)))))))))))))))))))....)))))))).)))))..))).)).))).))))))))..)))......
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
CTGAAATGTTAAGAAGAGAGACCTTACCTGAAGTGAAGAGTCTTTGTTTATTAGCCAAGGATGACTTGCCTACATACCTTTCCTCCCACAAGGATATTAT
TTCTCTAATTTCCCTTTTGGGGTTGCTATGCTAGGCAGTTATCCTGGCTATATTGACAGGCTATTCCTCATCATGTTAGGCCTCTTCTTCTCATAGTTAT
dot-bracket secondary structure
.....(((..((((((((...(((.((.(((((.(((.((((..((((...((((((.((((((((.(((((((((.......(((((.((((..((((.
.....))))...)))).)))))....)))).)))))))))))))))))))....)))))))).)))))..))).)).))).))))))))..)))......
SIMILARITIES| miRBase tcc-MIR169g: 0.0000002 PMRD aqc-miR169a: 0.0000007 microPC miR169: 0.00004 | UniProt no hits RFAM MIR169_5: 0.0000008 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
