ABOUT THIS RECORDspecies: Trifolium pratense
miRNA family: MIR414
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Trifolium pratense Trifolium Trifolieae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCATCATCATCATCATCTTCA miRNA* GAGATGAGACTGGAGTGGTG mismatches: 5 bulges: 1 |
pre-miRNA
AGCTGGAGTTGCAATGGGGGCTGGTGTTGTTGGTTTGGAAGGAGTGGCTACCGGAGATGAGACTGGAGTGGTGGTGGCCGGAGTTGATGGTGAGGTTGTT
GGTGCGGCTGAAGGGGACTGACCTCCGACGCCGGCGCCTCGTGCCGAATTCCTGCAGCCCGGGGGATCCACTAGTTCTAGAGCGACCGCCACCGCGGTGG
AGCTCCAGCTTTTGTTCCCTTTAGTTTGGGTACCGAGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGGTTATCGTCATCCCAGTTCCTAC
TGGTCATCATCCTCCTCATCACTGCCCTCCTCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCTTCATCATCATCATCATCATCATCATCAT
CATCATCATCATTCATCATCATCAT
dot-bracket secondary structure
.....((..((.(((((.((.(((((.((.((((.(((...((((((.....((((((((...(((.((((((((((...((..(((((((((((.....
((.((((.(((.(((((.(((((...(((((((((((...)))))).......)).((((((((((..((..((((...((((..(((((.....)))))
.)))).))))..)).)))))......)))))..((((......)))).((..(((((((((((((.......)))))).)))))))..))..))).....
.)))))...))))).)))...)))))).)))))))))))...))....))))))))))..)))...))))))))....))))..)).)))..)))).)).
))))))).)))))))...)).....
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
AGCTGGAGTTGCAATGGGGGCTGGTGTTGTTGGTTTGGAAGGAGTGGCTACCGGAGATGAGACTGGAGTGGTGGTGGCCGGAGTTGATGGTGAGGTTGTT
GGTGCGGCTGAAGGGGACTGACCTCCGACGCCGGCGCCTCGTGCCGAATTCCTGCAGCCCGGGGGATCCACTAGTTCTAGAGCGACCGCCACCGCGGTGG
AGCTCCAGCTTTTGTTCCCTTTAGTTTGGGTACCGAGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGGTTATCGTCATCCCAGTTCCTAC
TGGTCATCATCCTCCTCATCACTGCCCTCCTCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCTTCATCATCATCATCATCATCATCATCAT
CATCATCATCATTCATCATCATCAT
dot-bracket secondary structure
.....((..((.(((((.((.(((((.((.((((.(((...((((((.....((((((((...(((.((((((((((...((..(((((((((((.....
((.((((.(((.(((((.(((((...(((((((((((...)))))).......)).((((((((((..((..((((...((((..(((((.....)))))
.)))).))))..)).)))))......)))))..((((......)))).((..(((((((((((((.......)))))).)))))))..))..))).....
.)))))...))))).)))...)))))).)))))))))))...))....))))))))))..)))...))))))))....))))..)).)))..)))).)).
))))))).)))))))...)).....
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD sbi-miR169d: 0.00009 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
