ABOUT THIS RECORDspecies: Zea mays
miRNA family: miR167g
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Zea mays Zea Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GGTCATGCTGTAGTTTCATCT miRNA* GTGAAGCTGCCAGCATGATCTG mismatches: 1 bulges: 1 |
pre-miRNA
GGTAGTGGTGCACCACGAGTTGGTGAAGCTGCCAGCATGATCTGGTTCTGATGGTGGTATATGTATAAGATGAATGTAATCTATACTACCGGCCCCTGTC
TCTCTCTCTCTCCCCGGTCCTTGACTGTCGTATATGGATCGACGAATCCAAGATGAGAGGGGGAGAGAGAGGGAGAGAGAGGGTAATTAATGAGCACCAG
GACCAGGTCATGCTGTAGTTTCATCTGCTGGTGGCCGCACATCGA
dot-bracket secondary structure
.......((((.((((.(((.(((((((((((.(((((((((((((((((.((((((((((..((((.......))))...))))))))))((((((.((
(((((((((((((((((((...)))).((((...(((((......)))))..))))...))))))))))))))))).)).))))..((....))...)))
))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))).....
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
GGTAGTGGTGCACCACGAGTTGGTGAAGCTGCCAGCATGATCTGGTTCTGATGGTGGTATATGTATAAGATGAATGTAATCTATACTACCGGCCCCTGTC
TCTCTCTCTCTCCCCGGTCCTTGACTGTCGTATATGGATCGACGAATCCAAGATGAGAGGGGGAGAGAGAGGGAGAGAGAGGGTAATTAATGAGCACCAG
GACCAGGTCATGCTGTAGTTTCATCTGCTGGTGGCCGCACATCGA
dot-bracket secondary structure
.......((((.((((.(((.(((((((((((.(((((((((((((((((.((((((((((..((((.......))))...))))))))))((((((.((
(((((((((((((((((((...)))).((((...(((((......)))))..))))...))))))))))))))))).)).))))..((....))...)))
))))))))))))))))))))))))).))).))))..)))).....
SIMILARITIES| miRBase zma-MIR167g: 4e-27 PMRD zma-miR167g: 4e-27 microPC miR167: 5e-45 | UniProt no hits RFAM MIR167_1: 1e-24 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
