ABOUT THIS RECORDspecies: Zea mays
miRNA family: MIRf341
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Zea mays Zea Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GGGTACTCCCTCCGTCCCAAA miRNA* TGAGGACGGAAGGAGTATTTTT mismatches: 3 bulges: 1 |
pre-miRNA
GTAGTTTGACTGGTGAGGACGGAAGGAGTATTTTTGAAGGGATTTAGTAGACTCCCTAATGCATGGAAATCTATGCTAGTAGCAATCTTTAAGGCTAATC
ATTCCAATGGAGAGTCTATTTGGTTGGACTTCAACTCCGAGAGATCAGCTCTAGAACAAGTGAGCTACCGTGGAATAGCTCTATGGTGGAGGGGAGCTCT
TGGGCTATCTCCAGCGGTCTTATTCATCTTGTCTCATATTTCAAATTTTACTCTATGAATAGTGCAATCTATAGTGTAAAACAGTTCAAAACAGCGTTTT
GTATATCCATAAGCACGATCTACAGGCGATAGCATTATGGTAGAGCTCCAACCCAAGGGTACTCCCTCCGTCCCAAATTATAGTTGT
dot-bracket secondary structure
.......(((((.((.(((((((.((((((((((((...(((...(((((((((((.(((((((((....))))))...((((..........))))...
))).....)).))))))))).((((((...))))))..((....)).(((((((((.(((...((.((((((((.....))))))))(((((..((((..
..)))).))))).))...))).)))...(((..........))).((((((.(((((.((......)).))))).))))))..((.((((((...)))))
).))..((((((((...(((.......))).)).)))))))))))))))....)))))))))))).))))))))).....)))))..
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
GTAGTTTGACTGGTGAGGACGGAAGGAGTATTTTTGAAGGGATTTAGTAGACTCCCTAATGCATGGAAATCTATGCTAGTAGCAATCTTTAAGGCTAATC
ATTCCAATGGAGAGTCTATTTGGTTGGACTTCAACTCCGAGAGATCAGCTCTAGAACAAGTGAGCTACCGTGGAATAGCTCTATGGTGGAGGGGAGCTCT
TGGGCTATCTCCAGCGGTCTTATTCATCTTGTCTCATATTTCAAATTTTACTCTATGAATAGTGCAATCTATAGTGTAAAACAGTTCAAAACAGCGTTTT
GTATATCCATAAGCACGATCTACAGGCGATAGCATTATGGTAGAGCTCCAACCCAAGGGTACTCCCTCCGTCCCAAATTATAGTTGT
dot-bracket secondary structure
.......(((((.((.(((((((.((((((((((((...(((...(((((((((((.(((((((((....))))))...((((..........))))...
))).....)).))))))))).((((((...))))))..((....)).(((((((((.(((...((.((((((((.....))))))))(((((..((((..
..)))).))))).))...))).)))...(((..........))).((((((.(((((.((......)).))))).))))))..((.((((((...)))))
).))..((((((((...(((.......))).)).)))))))))))))))....)))))))))))).))))))))).....)))))..
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD osa-miRf10603-akr: 0.0003 microPC no hits | UniProt no hits RFAM MIR1122: 0.00002 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
