ABOUT THIS RECORDspecies: Zea mays
miRNA family: MIR396
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Zea mays Zea Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCCACAGGCTTTCTTGAACTG miRNA* GTTCAAGAAAGCCCATGGAAA mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
GCGGGCATGCTTTCCACAGGCTTTCTTGAACTGTGAACTCGTGGGCGTGGTGGTGGTGGTGCTGGTGCTGGGTGTGTGGGACGGAATGATTGGCTCCTCC
CAGTCCCAGTCCCAGTCCCACCCACCAATTCTCTTCCCCCCGACCGGCCGTGAATTGAATTGAATCGAATCGCATCGCTGAGCTTCCCCCCGGCTCGCTC
ACGCGACCTGTTGATGGTTCAAGAAAGCCCATGGAAACCATGCAGC
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase osa-MIR396e: 9e-16 PMRD zma-miR396m: 3e-86 microPC miR396: 0.00000001 | UniProt no hits RFAM MIR396: 3e-90 | most similar mature miRNAs |
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