ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
miRNA family: MIR2124
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ACTTTAAATGTGTGTCCGTAT miRNA* TTGGACACATGCATAGTGT mismatches: 4 bulges: 2 |
pre-miRNA
CCAGTCGACATGTAAATATGGGCCTGTTTAGTTTCCAAACAAAATTTTTCACGCTGTCACATCGAATGTTTGGACACATGCATAGTGTTAAATGTAGACA
AAAAAAAAACCAATTACACAGTTCGGCAGGAAATTGCGAGATGAATCTTTTAAGCTTAATTGCGCCAGGATTTGACAATGTGGTGCTACAATAAACATTT
GTTGATGACGGATTAATTAGGCTTGATAAATTCGTCTCGAAGTTTTCTGGCAAAATCTGTAATTTGTTTTGTTATTAGACTACGTTTAATACTTTAAATG
TGTGTCCGTATATCCGATGTGACATGTAGGGGCAAATTTTTTTGCCAACTAAACAGGCCCTATATATGCCATCAATT
dot-bracket secondary structure
......((...(((.((((((((((((((((((..((((.(((((((.((..((((((((((((.((((.((((((((((...((((((((((((((..(
(.((.(((((.(((((((..(((..((((((((((.((((((((((...(((((((((((((..((.....((((((((((.((......))..))).))
)))))....))..)))))))))))))...)))))))))).)))))))).))..))).))))))).))))).)).))...)))))))))))))).....))
)))))))).)))).)))))))))).))...)).)))))))))))..)))))))))))))).)))).)))..))....
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
CCAGTCGACATGTAAATATGGGCCTGTTTAGTTTCCAAACAAAATTTTTCACGCTGTCACATCGAATGTTTGGACACATGCATAGTGTTAAATGTAGACA
AAAAAAAAACCAATTACACAGTTCGGCAGGAAATTGCGAGATGAATCTTTTAAGCTTAATTGCGCCAGGATTTGACAATGTGGTGCTACAATAAACATTT
GTTGATGACGGATTAATTAGGCTTGATAAATTCGTCTCGAAGTTTTCTGGCAAAATCTGTAATTTGTTTTGTTATTAGACTACGTTTAATACTTTAAATG
TGTGTCCGTATATCCGATGTGACATGTAGGGGCAAATTTTTTTGCCAACTAAACAGGCCCTATATATGCCATCAATT
dot-bracket secondary structure
......((...(((.((((((((((((((((((..((((.(((((((.((..((((((((((((.((((.((((((((((...((((((((((((((..(
(.((.(((((.(((((((..(((..((((((((((.((((((((((...(((((((((((((..((.....((((((((((.((......))..))).))
)))))....))..)))))))))))))...)))))))))).)))))))).))..))).))))))).))))).)).))...)))))))))))))).....))
)))))))).)))).)))))))))).))...)).)))))))))))..)))))))))))))).)))).)))..))....
SIMILARITIES| miRBase osa-MIR2124d: 1e-62 PMRD osa-miR442: 3e-50 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
