ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
miRNA family: MIRf74
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTTGAGAAGGTATCATGAGAT miRNA* CTTGTGATACCTCCTCAAGGA mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
TTAGATCTGCATTTTAGAGTAATTCTACGGTCTTTGAGAAGGTATCATGAGATACAAAAAATTTAGTGTAAAATTTAGTATCTTATGATACCTCATAGTA
CCTAGGTACCATAAGATACTAAATTTACAATAGAAAAAATGGTACCTTGTGATACCTCCTCAAGGAACGTAAAATTGCTCTGCATTTTATAATTT
dot-bracket secondary structure
.((((..((((.....((((((((.((((.((((((((.((((((((((((.(((......((((.((((((.((((((((((((((.(((((.......
...))))).)))))))))))))))))))).)))).......))).)))))))))))).)))))))).)))).)))))))))))).))))......
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
deep sequencing data evidence
TTAGATCTGCATTTTAGAGTAATTCTACGGTCTTTGAGAAGGTATCATGAGATACAAAAAATTTAGTGTAAAATTTAGTATCTTATGATACCTCATAGTA
CCTAGGTACCATAAGATACTAAATTTACAATAGAAAAAATGGTACCTTGTGATACCTCCTCAAGGAACGTAAAATTGCTCTGCATTTTATAATTT
dot-bracket secondary structure
.((((..((((.....((((((((.((((.((((((((.((((((((((((.(((......((((.((((((.((((((((((((((.(((((.......
...))))).)))))))))))))))))))).)))).......))).)))))))))))).)))))))).)))).)))))))))))).))))......
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD osa-miRf10475-akr: 3e-43 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
deep sequencing data evidence
