ABOUT THIS RECORDspecies: Physcomitrella patens
miRNA family: MIR319
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Physcomitrella patens Physcomitrella Funariaceae Funariales Funariidae Bryopsida Moss Superclass V Bryophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGGACTGAAGGGAGCTCCAC miRNA* GGAGCTCCGTTTCGGTCCAATA mismatches: 0 bulges: 1 |
pre-miRNA
TGATTGCGGATACCTTGATTGTGGAGCTCCGTTTCGGTCCAATAGTGGCTGCGACGGAAGGTGGTCCCGCTGCCGAATCACACGTCCGGGTTGCTTATCGG
GGCAGGGCCCCGATACGGTATCCGAACGTTTGTCCCGGGAACTGGTCGACCTTCCGCCCGGCGTCTCTTGGACTGAAGGGAGCTCCACTCTTGGCGTCTC
TGGCAT
dot-bracket secondary structure
)...(((((((.((..((..((((((((((.(((((((((((.((..((((...(((((((((((((((.........((.((((.(((((.(((((((((
(((...))))))))).)))))))).)))).))...)))).))).....))))))))..))))..)).)))))))))))))))))))))))..)).)))).
..))).
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
degradome data
download this record
TGATTGCGGATACCTTGATTGTGGAGCTCCGTTTCGGTCCAATAGTGGCTGCGACGGAAGGTGGTCCCGCTGCCGAATCACACGTCCGGGTTGCTTATCGG
GGCAGGGCCCCGATACGGTATCCGAACGTTTGTCCCGGGAACTGGTCGACCTTCCGCCCGGCGTCTCTTGGACTGAAGGGAGCTCCACTCTTGGCGTCTC
TGGCAT
dot-bracket secondary structure
)...(((((((.((..((..((((((((((.(((((((((((.((..((((...(((((((((((((((.........((.((((.(((((.(((((((((
(((...))))))))).)))))))).)))).))...)))).))).....))))))))..))))..)).)))))))))))))))))))))))..)).)))).
..))).
SIMILARITIES| miRBase ppt-MIR319a: 8.0E-93 PMRD ppt-miR319a: 8.0E-93 microPC miR319: 0.0002 | UniProt no hits RFAM 9MIR159: 0.0002 | most similar mature miRNAs |
Identical with: ppt-miR319a from PMRD (MNEST051384), ppt-MIR319a from miRBase |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
degradome data
download this record
