ABOUT THIS RECORDspecies: Physcomitrella patens
miRNA family: MIR536
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Physcomitrella patens Physcomitrella Funariaceae Funariales Funariidae Bryopsida Moss Superclass V Bryophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTCGTGCCAAGCTGTGTGCAA miRNA* GCCGCAGTTTGGCATGAAGC mismatches: 2 bulges: 1 |
pre-miRNA
TCCTAAGTGTCTCCCCTTGGAAGCCGCAGTTTGGCATGAAGCACTTATTCCTTTGCGCATCCATTTTGTGACTGCTTGTATTGAGTCGAATCCAATTCCT
TGCCTTCTACTTCCTTCCAATCTAGATCACTCCTGGTTTTTCACATTGTTTGGTTGTTGGGGGTCATATTGTTTGTATACCTTTTTTCGCACGAAATCTT
CAATTTGAAAGACGCTGTTGGAAACTCTAATTTCGAATTTCTGCAGCCACACCCAATAGTTTGAGGTCTTGTCGGTATCTTCCTTTGCGCGCCTACTTCA
GTGACTGCAGAAAGTCACTGCAGTCACTACCGGGGACGAACATACTAGCACTGTTAATCTCTCTATACTCGTCAATCTTCAGTTGTCCATGCACGATTTC
TCCCTAAAATTATTGAGGGGATATCAGAGTTTCGTGCCAAGCTGTGTGCAACCAAGGGATTTCTCACTTC
dot-bracket secondary structure
....(((((....(((((((..((((((((((((((((((((.((((((((((((.((((.((..(((.((.(((..((((.(((..((...((((....
(((((((.((..((...((((..((((((....)))))).....))))...))..)).))))).)).))))..((((.........(((.((((...(((
(((.(((......(((((.(((((.((.......)).))))))))))......)))....))))))..)))))))..........))))(((((.....(
((((((((((.......)))))))))))....))).))((((.........))))..)).))).))))..).)).))..))).))...))))..(((((.
......)))))..))))))))))..)).)))))))))))))))))).))..)))))))......))))).
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
TCCTAAGTGTCTCCCCTTGGAAGCCGCAGTTTGGCATGAAGCACTTATTCCTTTGCGCATCCATTTTGTGACTGCTTGTATTGAGTCGAATCCAATTCCT
TGCCTTCTACTTCCTTCCAATCTAGATCACTCCTGGTTTTTCACATTGTTTGGTTGTTGGGGGTCATATTGTTTGTATACCTTTTTTCGCACGAAATCTT
CAATTTGAAAGACGCTGTTGGAAACTCTAATTTCGAATTTCTGCAGCCACACCCAATAGTTTGAGGTCTTGTCGGTATCTTCCTTTGCGCGCCTACTTCA
GTGACTGCAGAAAGTCACTGCAGTCACTACCGGGGACGAACATACTAGCACTGTTAATCTCTCTATACTCGTCAATCTTCAGTTGTCCATGCACGATTTC
TCCCTAAAATTATTGAGGGGATATCAGAGTTTCGTGCCAAGCTGTGTGCAACCAAGGGATTTCTCACTTC
dot-bracket secondary structure
....(((((....(((((((..((((((((((((((((((((.((((((((((((.((((.((..(((.((.(((..((((.(((..((...((((....
(((((((.((..((...((((..((((((....)))))).....))))...))..)).))))).)).))))..((((.........(((.((((...(((
(((.(((......(((((.(((((.((.......)).))))))))))......)))....))))))..)))))))..........))))(((((.....(
((((((((((.......)))))))))))....))).))((((.........))))..)).))).))))..).)).))..))).))...))))..(((((.
......)))))..))))))))))..)).)))))))))))))))))).))..)))))))......))))).
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD ppt-miR536e: 0 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
