ABOUT THIS RECORDspecies: Physcomitrella patens
miRNA family: MIR536
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Physcomitrella patens Physcomitrella Funariaceae Funariales Funariidae Bryopsida Moss Superclass V Bryophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ATCGTGCCAAGCTTTGTGCTTT miRNA* CGCCAATGCTTGGCATGAATC mismatches: 3 bulges: 1 |
pre-miRNA
TTCTTGTTCGACCATTGCAGTTGCTTTTAGACGCCAATGCTTGGCATGAATCTCTTGAGTGTCTGGTAGCCTAAAACAGAGAGATGATGCAATTGGTATG
TGGATCTTCTCTGGTTTTAGAGGAATCGTTCGCTGGCCTCCAGGTTCGAGACAATCGTGCCAAGCTTTGTGCTTTCAAGAGCCTTAATGGTTTTGGACGA
TGG
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase ppt-MIR536c: 6e-109 PMRD ppt-miR536c: 6e-109 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
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