ABOUT THIS RECORDspecies: Physcomitrella patens
miRNA family: MIR538
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Physcomitrella patens Physcomitrella Funariaceae Funariales Funariidae Bryopsida Moss Superclass V Bryophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGCATGGAGTCTATGTCTGGA miRNA* CAGACGTAGCCTTCATGCATG mismatches: 1 bulges: 1 |
pre-miRNA
CGAAGATCATGATCTTACAATGAGTTTGTGAGTCTCCATGCTGCTCTAACATTGCATGGAGTCTATGTCTGGAGTATTGTCCTTCATTCCCGTGCAAATG
CTGAAGTAATGCAAGAATGTGAACATTGGGACTATTCCAGACGTAGCCTTCATGCATGTTAGAGTGATGTGGAAACCCGTGAACTACTTGTAACTATTAT
TACTTG
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase ppt-MIR538a: 8e-99 PMRD ppt-miR538a: 8e-99 microPC miR538: 1e-54 | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
Identical with: ppt-MIR538a from miRBase (MNEST039532) |
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HuntMi prediction: true miRNA
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