ABOUT THIS RECORDspecies: Sorghum bicolor
miRNA family: MIRf341
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Sorghum bicolor Sorghum Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTACTCCCTCCGTTCCAATTT miRNA* TTTGGGACAGAGGGTGGTAATA mismatches: 2 bulges: 1 |
pre-miRNA
CCCTTCTATCCTGTTTAGTGTTTACTCCCTCCGTTCCAATTTATAAGTTGTTTTGGCATTTCTACATACATAGCTTTTATTATGTATCTAGACATATAGT
ATACCTAGGTGCATAGCAAAAGCTATATACCTAGAAAAGTCAAAATGACCTATAATTTGGGACAGAGGGTGGTAATATCTATATAATCAACAGCT
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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CCCTTCTATCCTGTTTAGTGTTTACTCCCTCCGTTCCAATTTATAAGTTGTTTTGGCATTTCTACATACATAGCTTTTATTATGTATCTAGACATATAGT
ATACCTAGGTGCATAGCAAAAGCTATATACCTAGAAAAGTCAAAATGACCTATAATTTGGGACAGAGGGTGGTAATATCTATATAATCAACAGCT
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM MIR1122: 2e-16 | most similar mature miRNAs |
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