ABOUT THIS RECORDspecies: Populus trichocarpa
miRNA family: MIRf1017
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Populus trichocarpa Populus Saliceae Salicaceae Malpighiales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CTTTATCTGCATTTGCACCTG miRNA* GGTGCAAGTGCAGGTGAATGC mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
TTGCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTATTGCGTTTGGTTTGGTATTGAATCCAAAAAACAAATCCAAGTTCCGTGCCGATCCAGAATGTGGGACA
ATTAGATATGGAAACTAATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAAGTGCAGGTGAATGCC
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase ptc-MIR530b: 5e-47 PMRD ptc-miR530b: 5e-47 microPC miR530: 2e-74 | UniProt no hits RFAM MIR530: 1e-45 | most similar mature miRNAs |
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