ABOUT THIS RECORDspecies: Ipomoea nil
miRNA family: MIRf592
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Ipomoea nil Ipomoea Ipomoeeae Convolvulaceae Solanales lamiids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GGCGAGTTGTCCTTGGCTACA miRNA* CAGCCAAGGATGACTTGCCGG mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
ACATAATCTCATCAATGGCCTTGCATGTTGGCGCAGGAAGCAGGTGGATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCCGGTGAACTCTTCCTCCTATTGCGGCGG
ACCCAACCATATATCCACCGCTCCGTACACTCTCAGGGTGACGAAAAGTTTGTAAGTTGGCGAGTTGTCCTTGGCTACATCTTCCTGTCTGCCCTTCAAG
CCAGGCTTTGGGTGACATATATACAT
dot-bracket secondary structure
.....((.(((((...(((((.((.((..((.((((...(((((.(((((.(((((((((((((((((((((..(((((((.(((.((.(((.((((.((
(............))).))))...))).((((...)))))).))).)))))))..))))))))))))))))))))).))))).)))))))))))..)).)
).)))))...))))).))........
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
ACATAATCTCATCAATGGCCTTGCATGTTGGCGCAGGAAGCAGGTGGATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCCGGTGAACTCTTCCTCCTATTGCGGCGG
ACCCAACCATATATCCACCGCTCCGTACACTCTCAGGGTGACGAAAAGTTTGTAAGTTGGCGAGTTGTCCTTGGCTACATCTTCCTGTCTGCCCTTCAAG
CCAGGCTTTGGGTGACATATATACAT
dot-bracket secondary structure
.....((.(((((...(((((.((.((..((.((((...(((((.(((((.(((((((((((((((((((((..(((((((.(((.((.(((.((((.((
(............))).))))...))).((((...)))))).))).)))))))..))))))))))))))))))))).))))).)))))))))))..)).)
).)))))...))))).))........
SIMILARITIES| miRBase osa-MIR169p: 0.0000000008 PMRD osa-miRf11416-akr: 0.0000000008 microPC miR169: 4e-67 | UniProt no hits RFAM MIR169_2: 0.00000001 | most similar mature miRNAs |
Identical with: miR169 from microPC (MNEST046552) |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
