ABOUT THIS RECORDspecies: Chlamydomonas reinhardtii
miRNA family: MIR1163
source: miRBase, original name: cre-MIR1163 (MI0006224)
Taxonomy by NCBI:
Chlamydomonas reinhardtii Chlamydomonas Chlamydomonadaceae Chlamydomonadales Chlorophyceae Chlorophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AGGGCATGCTGCGTGCCATGG miRNA* ATGGCACGCAGCATGCCCTTC mismatches: 0 bulges: 0 |
pre-miRNA
ATTGACAACGCGCCCGAGCGCCGGCGCACCGGCAAGAACAAGGACAAGTATGAGATGCTGCCGTACCCCGGCAACACGCTCATGGATGAGGCTGACCTGA
AGGGCATGCTGCGTGCCATGGCGCCCTTCATCGTGCGCGCATAGGGTCTTAACTGCCAGGTTGAAGTCGCACACGCGGAAGACCTTGCTGCCATCAGGCG
CGATGTCGTACAGCAGGTTGGCGGGCTTCAGGTCAAAGTGCATGTAGCCGCGAGCGTTCAGGTGCTTTGATGAAGAGCGCCATGGCACGCAGCATGCCCT
TCAGGTCGGCCTCATCCATAAGCGTGTTGCCGGGGTACGGCAGCATCTCAAACTTGTCCTTGTTCTTGCCGGTGCGCCGGCGCTCGGGCGCGTTGTCAAT
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned
references
[1] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"
ATTGACAACGCGCCCGAGCGCCGGCGCACCGGCAAGAACAAGGACAAGTATGAGATGCTGCCGTACCCCGGCAACACGCTCATGGATGAGGCTGACCTGA
AGGGCATGCTGCGTGCCATGGCGCCCTTCATCGTGCGCGCATAGGGTCTTAACTGCCAGGTTGAAGTCGCACACGCGGAAGACCTTGCTGCCATCAGGCG
CGATGTCGTACAGCAGGTTGGCGGGCTTCAGGTCAAAGTGCATGTAGCCGCGAGCGTTCAGGTGCTTTGATGAAGAGCGCCATGGCACGCAGCATGCCCT
TCAGGTCGGCCTCATCCATAAGCGTGTTGCCGGGGTACGGCAGCATCTCAAACTTGTCCTTGTTCTTGCCGGTGCGCCGGCGCTCGGGCGCGTTGTCAAT
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned
references
[1] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"
