ABOUT THIS RECORDspecies: Chlamydomonas reinhardtii
source: miRBase, original name: cre-MIR1173 (MI0006232)
Taxonomy by NCBI:
Chlamydomonas reinhardtii Chlamydomonas Chlamydomonadaceae Chlamydomonadales Chlorophyceae Chlorophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ATGGTTGCAATAGAAATCATG miRNA* TGATTTCCATTGTAACCATAC mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
GTTTGGCCTGGTGTTTAATTTGCTTCCACACATTTGCAATGCCAGCAAATTGCGCATGCCAATGCATTTATAGGTTATTGCATACGCCCTGGATTGGCAG
CGTGAGTGAAAGTGTGCTGGGCTGCGTGCTACTGTAGATGAGTGGGTACTTGCGAAATGTATTGGCGGCCATTGTATGGTTGCAATAGAAATCATGCAGG
GGATACTGTGAATTATATACCATGTACCATGTGCAATGTTTCAGATGTCCCTGCACTAGCAGGCATTCAGACATCCCAGCATCCCAGCGCTGGCAGGCAT
GCCTGAAACATTGCACATGGTACATAATTCACAGTATCCCCTTCATGATTTCCATTGTAACCATACAATGGCAGCCAATACATTTCTCAAGTACCCACTC
ATCTGTACAGCAGCACGCACCTTCACTCATGCTGCCAATCCAGGGCGTATGCTATAACCTATAAATGCTTTGGCATGCACAATTTGCTGGCATTACAACT
GTGTGGATGCAGATTAACTTGTAACCACAAAC
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: cloned
references
[1] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"
GTTTGGCCTGGTGTTTAATTTGCTTCCACACATTTGCAATGCCAGCAAATTGCGCATGCCAATGCATTTATAGGTTATTGCATACGCCCTGGATTGGCAG
CGTGAGTGAAAGTGTGCTGGGCTGCGTGCTACTGTAGATGAGTGGGTACTTGCGAAATGTATTGGCGGCCATTGTATGGTTGCAATAGAAATCATGCAGG
GGATACTGTGAATTATATACCATGTACCATGTGCAATGTTTCAGATGTCCCTGCACTAGCAGGCATTCAGACATCCCAGCATCCCAGCGCTGGCAGGCAT
GCCTGAAACATTGCACATGGTACATAATTCACAGTATCCCCTTCATGATTTCCATTGTAACCATACAATGGCAGCCAATACATTTCTCAAGTACCCACTC
ATCTGTACAGCAGCACGCACCTTCACTCATGCTGCCAATCCAGGGCGTATGCTATAACCTATAAATGCTTTGGCATGCACAATTTGCTGGCATTACAACT
GTGTGGATGCAGATTAACTTGTAACCACAAAC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD cre-miR1173: 0 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: cre-miR1173 from PMRD (MNEST048469) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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[1] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"
