ABOUT THIS RECORDspecies: Picea abies
miRNA family: miR950-5p
source: miRBase, original name: pab-MIR950 (MI0016094)
Taxonomy by NCBI:
Picea abies Picea Pinaceae Coniferales Coniferopsida Coniferophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCACATCTGGGCCACGATGGTT miRNA* CCATGGTGCCCCAGATGAGAAG mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
GCACGAGGGAACGGAGGAAGGGACGGTGTTCTTCAAGTGGAGGGAGAAAGAGGTTTTGGAGGTGATCTTCACATCTGGGCCACGATGGTTTATTTTTCTT
CGTTTATTTATCATAAACCATGGTGCCCCAGATGAGAAGAGCACCTTCGCCTCCGTTTATTTACATGGATTTGACTGTTTCTGGAGGAACCGGCAGTCCA
TCTCCATTTGGGTATTTTCTCTGCCGAAATGGTGTAGATCATTTCATCCTCTCCTCTTGTCAGACTCTGCCAGTTGATCTGGAGGAAGAAGAAGAATCTG
AAGCGAAAGTGTTATTGTCGTCTGGGCCCCGGTGGTTTATGATCGTCTAGGATGTTCAGAACCACCGTGGCCAAGACGACAAGAATACCCTCGTCTTTGC
TTACATGGATCTCGGCAAACTTGACTCCTCAAATAGAA
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: cloned
references
[1] Yakovlev IA, Fossdal CG, Johnsen O, New Phytol. 187:1154-1169(2010)., "MicroRNAs, the epigenetic memory and climatic adaptation in Norway spruce"
GCACGAGGGAACGGAGGAAGGGACGGTGTTCTTCAAGTGGAGGGAGAAAGAGGTTTTGGAGGTGATCTTCACATCTGGGCCACGATGGTTTATTTTTCTT
CGTTTATTTATCATAAACCATGGTGCCCCAGATGAGAAGAGCACCTTCGCCTCCGTTTATTTACATGGATTTGACTGTTTCTGGAGGAACCGGCAGTCCA
TCTCCATTTGGGTATTTTCTCTGCCGAAATGGTGTAGATCATTTCATCCTCTCCTCTTGTCAGACTCTGCCAGTTGATCTGGAGGAAGAAGAAGAATCTG
AAGCGAAAGTGTTATTGTCGTCTGGGCCCCGGTGGTTTATGATCGTCTAGGATGTTCAGAACCACCGTGGCCAAGACGACAAGAATACCCTCGTCTTTGC
TTACATGGATCTCGGCAAACTTGACTCCTCAAATAGAA
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: cloned
references
[1] Yakovlev IA, Fossdal CG, Johnsen O, New Phytol. 187:1154-1169(2010)., "MicroRNAs, the epigenetic memory and climatic adaptation in Norway spruce"
