ABOUT THIS RECORDspecies: Physcomitrella patens
miRNA family: MIR536
source: miRBase, original name: ppt-MIR536e (MI0005933)
Taxonomy by NCBI:
Physcomitrella patens Physcomitrella Funariaceae Funariales Funariidae Bryopsida Moss Superclass V Bryophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTCGTGCCAAGCTGTGTGCAAC miRNA* AGCCGCAGTTTGGCATGAAGC mismatches: 2 bulges: 1 |
pre-miRNA
TGTGTGGATCCTAAGTGTCTCCCCTTGGAAGCCGCAGTTTGGCATGAAGCACTTATTCCTTTGCGCATCCATTTTGTGACTGCTTGTATTGAGTCGAATC
CAATTCCTTGCCTTCTACTTCCTTCCAATCTAGATCACTCCTGGTTTTTCACATTGTTTGGTTGTTGGGGGTCATATTGTTTGTATACCTTTTTTCGCAC
GAAATCTTCAATTTGAAAGACGCTGTTGGAAACTCTAATTTCGAATTTCTGCAGCCACACCCAATAGTTTGAGGTCTTGTCGGTATCTTCCTTTGCGCGC
CTACTTCAGTGACTGCAGAAAGTCACTGCAGTCACTACCGGGGACGAACATACTAGCACTGTTAATCTCACTATACTCGTCAATCTTCAGTTGTCCATGC
ACGATTTCTCCCTAAAATTATTGAGGGGATATCAGAGTTTCGTGCCAAGCTGTGTGCAACCAAG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: 454
references
[1] Axtell MJ, Snyder JA, Bartel DP, Plant Cell. 19:1750-1769(2007)., "Common functions for diverse small RNAs of land plants"
TGTGTGGATCCTAAGTGTCTCCCCTTGGAAGCCGCAGTTTGGCATGAAGCACTTATTCCTTTGCGCATCCATTTTGTGACTGCTTGTATTGAGTCGAATC
CAATTCCTTGCCTTCTACTTCCTTCCAATCTAGATCACTCCTGGTTTTTCACATTGTTTGGTTGTTGGGGGTCATATTGTTTGTATACCTTTTTTCGCAC
GAAATCTTCAATTTGAAAGACGCTGTTGGAAACTCTAATTTCGAATTTCTGCAGCCACACCCAATAGTTTGAGGTCTTGTCGGTATCTTCCTTTGCGCGC
CTACTTCAGTGACTGCAGAAAGTCACTGCAGTCACTACCGGGGACGAACATACTAGCACTGTTAATCTCACTATACTCGTCAATCTTCAGTTGTCCATGC
ACGATTTCTCCCTAAAATTATTGAGGGGATATCAGAGTTTCGTGCCAAGCTGTGTGCAACCAAG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase ppt-MIR536d: 0.0000001 PMRD ppt-miR536e: 0 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: ppt-miR536e from PMRD (MNEST051428) |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: 454
references
[1] Axtell MJ, Snyder JA, Bartel DP, Plant Cell. 19:1750-1769(2007)., "Common functions for diverse small RNAs of land plants"
