ABOUT THIS RECORDspecies: Selaginella moellendorffii
miRNA family: MIR159
source: miRBase, original name: smo-MIR159 (MI0006050)
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CTTGGATTGAAGGGAGCTCCC miRNA* GAGCTCCCTTCAATTCAACTG mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
TTGCAGGGGGAGCTCCCTTCAATTCAACTGAGGTCGGTGCGTCGCTGTTACTCGCTGCTGACTCATGCATTCGCCTGACATGCCCGCAACCATCATCAGA
TCGTGATCAGGACACGCCGAAAACATGCCCGTGATCACCTCCGCAACTCTCTGATCTCGGCGAGGTTGATCACAGAATCCCCCGAGTTTGAGGCATGGCA
GCCGTGTGCATGATGCAGGAGCAGGTGCGGCTTCGGCTCTGAACTTCCCTTGGATTGAAGGGAGCTCCCTTCCAGATTC
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: 454
references
[1] Axtell MJ, Snyder JA, Bartel DP, Plant Cell. 19:1750-1769(2007)., "Common functions for diverse small RNAs of land plants"
TTGCAGGGGGAGCTCCCTTCAATTCAACTGAGGTCGGTGCGTCGCTGTTACTCGCTGCTGACTCATGCATTCGCCTGACATGCCCGCAACCATCATCAGA
TCGTGATCAGGACACGCCGAAAACATGCCCGTGATCACCTCCGCAACTCTCTGATCTCGGCGAGGTTGATCACAGAATCCCCCGAGTTTGAGGCATGGCA
GCCGTGTGCATGATGCAGGAGCAGGTGCGGCTTCGGCTCTGAACTTCCCTTGGATTGAAGGGAGCTCCCTTCCAGATTC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase pta-MIR159c: 0.000004 PMRD smo-miR159: 2e-158 microPC miR319: 0.0002 | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: smo-miR159 from PMRD (MNEST054573) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: 454
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[1] Axtell MJ, Snyder JA, Bartel DP, Plant Cell. 19:1750-1769(2007)., "Common functions for diverse small RNAs of land plants"
