ABOUT THIS RECORDspecies: Arabidopsis thaliana
source: miRBase, original name: ath-MIR783 (MI0005113)
Taxonomy by NCBI:
Arabidopsis thaliana Arabidopsis Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AAGCTTTGCTCGTTCATGTTC miRNA* ACATGGAAGAGCAAAGATTCT mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
GACACTAGTCTTAACCATATCTTTTGTCGGAAGATTCAGGAGAACATGGAAGAGCAAAGATTCTAGCAAATCTCTTACCCAATCAACTTCATCACCAGAT
CTTTTGTCGGAAAATTCAGGAGAACATGATCGTTTGGTACGAATACAAGATCTGGTGAGAATGGACGAAGAAGGAAAGAGAGACGTGTTCGTACCAAACG
ATCATGTTCTCCTGAATCTTCCGACAAAAGATCTGGTGATGAAGTTGATTGGTTAAGTGATTTACCAGAAGCTTTGCTCGTTCATGTTCTCCTGAATCTT
CCGACAAAAAATGTGGTTAAGACTAGTGTCT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: MPSS, Northern
references
[1] Lu C, Kulkarni K, Souret FF, MuthuValliappan R, Tej SS, Poethig RS, Henderson IR, Jacobsen SE, Wang W, Green PJ, Meyers BC, Genome Res. 16:1276-1288(2006)., "MicroRNAs and other small RNAs enriched in the Arabidopsis RNA-dependent RNA polymerase-2 mutant"
GACACTAGTCTTAACCATATCTTTTGTCGGAAGATTCAGGAGAACATGGAAGAGCAAAGATTCTAGCAAATCTCTTACCCAATCAACTTCATCACCAGAT
CTTTTGTCGGAAAATTCAGGAGAACATGATCGTTTGGTACGAATACAAGATCTGGTGAGAATGGACGAAGAAGGAAAGAGAGACGTGTTCGTACCAAACG
ATCATGTTCTCCTGAATCTTCCGACAAAAGATCTGGTGATGAAGTTGATTGGTTAAGTGATTTACCAGAAGCTTTGCTCGTTCATGTTCTCCTGAATCTT
CCGACAAAAAATGTGGTTAAGACTAGTGTCT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD ath-miR783: 0 microPC no hits | UniProt sp|Q9C8Y8|FDL7_ARATH: 0.0000000000001 RFAM no hits |
Identical with: ath-miR783 from PMRD (MNEST047054) |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: MPSS, Northern
references
[1] Lu C, Kulkarni K, Souret FF, MuthuValliappan R, Tej SS, Poethig RS, Henderson IR, Jacobsen SE, Wang W, Green PJ, Meyers BC, Genome Res. 16:1276-1288(2006)., "MicroRNAs and other small RNAs enriched in the Arabidopsis RNA-dependent RNA polymerase-2 mutant"
