ABOUT THIS RECORDspecies: Arabidopsis thaliana
miRNA family: MIR835
source: miRBase, original name: ath-MIR835 (MI0005391)
Taxonomy by NCBI:
Arabidopsis thaliana Arabidopsis Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTCTTGCATATGTTCTTTATC miRNA* TGGAGAAGATACGCAAGAAAG mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
TGCTCGATTCTTCAGATAGAAATTCTGGTCATCTTTGTGTTTAGGCTTTTTCTTGCATATGTTCTTTATCTCTATTGATTGATATTGTTCAATGAGCAAC
ATACTTTTCTCTTCTACCTGGATTTGTTTGATGGTTTTAAGAACTCTGTTCTTTTTGACGTTTTACCCAACAATATAACTTCTGTTGTAGTCATCTTCTG
CTGCAACCCATCCACAAAGCTTATCATGCAAGATTAAACCCTTTCTCGATGGGTTGCAAGAGAACATCACTAAAATAGAAGTAACATTGTTGGGGAAAAA
CGTCACAAATCCAGGTATTAGAGAATAGGATGCTGATCGTTGAAAATAACTATCTATAAAGATGGAGAAGATACGCAAGAAAGAGTTGTAAACACAAAGC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
degradome data
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evidence: 454
references
[1] Rajagopalan R, Vaucheret H, Trejo J, Bartel DP, Genes Dev. 20:3407-3425(2006)., "A diverse and evolutionarily fluid set of microRNAs in Arabidopsis thaliana"
TGCTCGATTCTTCAGATAGAAATTCTGGTCATCTTTGTGTTTAGGCTTTTTCTTGCATATGTTCTTTATCTCTATTGATTGATATTGTTCAATGAGCAAC
ATACTTTTCTCTTCTACCTGGATTTGTTTGATGGTTTTAAGAACTCTGTTCTTTTTGACGTTTTACCCAACAATATAACTTCTGTTGTAGTCATCTTCTG
CTGCAACCCATCCACAAAGCTTATCATGCAAGATTAAACCCTTTCTCGATGGGTTGCAAGAGAACATCACTAAAATAGAAGTAACATTGTTGGGGAAAAA
CGTCACAAATCCAGGTATTAGAGAATAGGATGCTGATCGTTGAAAATAACTATCTATAAAGATGGAGAAGATACGCAAGAAAGAGTTGTAAACACAAAGC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD ath-miRf10707-akr: 2e-42 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
degradome data
download this record
evidence: 454
references
[1] Rajagopalan R, Vaucheret H, Trejo J, Bartel DP, Genes Dev. 20:3407-3425(2006)., "A diverse and evolutionarily fluid set of microRNAs in Arabidopsis thaliana"
