ABOUT THIS RECORDspecies: Arabidopsis thaliana
source: miRBase, original name: ath-MIR836 (MI0005392)
Taxonomy by NCBI:
Arabidopsis thaliana Arabidopsis Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCCTGTGTTTCCTTTGATGCGTGG miRNA* ACCCATCGAAGGAAACACTAGAAG mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
GCAAAGCTGCCATTTTATAGTCCAAAACTTAAATTTCGTGTTTGCAAGTCTCCACCCATCGAAGGAAACACTAGAAGAGATATAATTTATTTGAGGGGAG
AAATATTTGACACGGAAGCATAGCTCCATATCCTTCAATGGAGGTGTGGTCCTTCAACAAAAATACCCCCCTCTTGAAACTCTGTTTCACCACACCTCCA
TTGAAGGACCTGAAGCTATGCTTCCTTGTCATATTCCTTACCATCAAATAAATGCTCTGTTTTCCTGTGTTTCCTTTGATGCGTGGAGACTTTTAAAAAC
GAAATTTAAGTTTGGGCTAAAATAAACGGCAGTTTTG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: 454
references
[1] Rajagopalan R, Vaucheret H, Trejo J, Bartel DP, Genes Dev. 20:3407-3425(2006)., "A diverse and evolutionarily fluid set of microRNAs in Arabidopsis thaliana"
GCAAAGCTGCCATTTTATAGTCCAAAACTTAAATTTCGTGTTTGCAAGTCTCCACCCATCGAAGGAAACACTAGAAGAGATATAATTTATTTGAGGGGAG
AAATATTTGACACGGAAGCATAGCTCCATATCCTTCAATGGAGGTGTGGTCCTTCAACAAAAATACCCCCCTCTTGAAACTCTGTTTCACCACACCTCCA
TTGAAGGACCTGAAGCTATGCTTCCTTGTCATATTCCTTACCATCAAATAAATGCTCTGTTTTCCTGTGTTTCCTTTGATGCGTGGAGACTTTTAAAAAC
GAAATTTAAGTTTGGGCTAAAATAAACGGCAGTTTTG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD ath-miR836: 0 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: ath-miRf10744-akr from PMRD (MNEST047844) |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: 454
references
[1] Rajagopalan R, Vaucheret H, Trejo J, Bartel DP, Genes Dev. 20:3407-3425(2006)., "A diverse and evolutionarily fluid set of microRNAs in Arabidopsis thaliana"
