ABOUT THIS RECORDspecies: Arabidopsis thaliana
miRNA family: MIR839
source: miRBase, original name: ath-MIR839 (MI0005395)
Taxonomy by NCBI:
Arabidopsis thaliana Arabidopsis Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TACCAACCTTTCATCGTTCCC miRNA* GAACGCATGAGAGGTTGGTAAA mismatches: 0 bulges: 1 |
pre-miRNA
CTCACTCATGTGAGCAGAAAGAGTAGCATGATATTTTCTTCAAGGTCTTTACCAACCTTTCATCGTTCCCTTCTTTGCAATAACGCTGTTTTGCAAAACC
GTGATAGTGCTGAGCCGATGAGCCTCTAATGAAATTATAGACTCATCGGCTCAGGACCATTGCGGTTGTGCAAAACGGTGTTATTGCTGAGAAGGGAACG
CATGAGAGGTTGGTAAAGACCTCAATGGAATCTTATGGTACTCTTTTTGCTCACATGAGTGAGT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
degradome data
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evidence: 454
deep sequencing data evidence
references
[1] Rajagopalan R, Vaucheret H, Trejo J, Bartel DP, Genes Dev. 20:3407-3425(2006)., "A diverse and evolutionarily fluid set of microRNAs in Arabidopsis thaliana"
CTCACTCATGTGAGCAGAAAGAGTAGCATGATATTTTCTTCAAGGTCTTTACCAACCTTTCATCGTTCCCTTCTTTGCAATAACGCTGTTTTGCAAAACC
GTGATAGTGCTGAGCCGATGAGCCTCTAATGAAATTATAGACTCATCGGCTCAGGACCATTGCGGTTGTGCAAAACGGTGTTATTGCTGAGAAGGGAACG
CATGAGAGGTTGGTAAAGACCTCAATGGAATCTTATGGTACTCTTTTTGCTCACATGAGTGAGT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase aly-MIR839: 3e-65 PMRD ath-miR839: 2e-149 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: ath-miR839 from PMRD (MNEST047068) |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
degradome data
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evidence: 454
deep sequencing data evidence
references
[1] Rajagopalan R, Vaucheret H, Trejo J, Bartel DP, Genes Dev. 20:3407-3425(2006)., "A diverse and evolutionarily fluid set of microRNAs in Arabidopsis thaliana"
