ABOUT THIS RECORDspecies: Arabidopsis thaliana
miRNA family: MIR841
source: miRBase, original name: ath-MIR841b (MI0014669)
Taxonomy by NCBI:
Arabidopsis thaliana Arabidopsis Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TACGAGCCACTGGAAACTGAA miRNA* CAATTTCTAGTGGGTCGTATT mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
TCCTCATCTCCTCTAACCGCCAACTGCAAATGCCTTGGAGTTATCCTCTTCACTTTCAAATCCTTGTTAGTGTTTTCGGCCAACTGAAGAACCTCAGTAG
TTAGGCATTCAAGGATTGAAGTCGTGTAGACAACATCAGTCGCACCAACAGTACCATGTGCAGAAACTCTGGTCTTAAGTTGCTTGTGAATACGAGCCAC
TGGAAACTGAAAGAAACAAAGAAACAATATCAGTATAAAATTTCATCAAATTAGACTACAAAAAATGAAATTTCTTTGTTTATTTCAATTTCTAGTGGGT
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dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: Solexa
references
[1] Fahlgren N, Jogdeo S, Kasschau KD, Sullivan CM, Chapman EJ, Laubinger S, Smith LM, Dasenko M, Givan SA, Weigel D, Carrington JC, Plant Cell. 22:1074-1089(2010)., "MicroRNA gene evolution in Arabidopsis lyrata and Arabidopsis thaliana"
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dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase ath-MIR841: 5e-99 PMRD ath-miR841: 5e-99 microPC no hits | UniProt sp|Q9T0H7|H2A8_ARATH: 2e-26 RFAM no hits |
Identical with: ath-miRf11103-akr from PMRD (MNEST048203) |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: Solexa
references
[1] Fahlgren N, Jogdeo S, Kasschau KD, Sullivan CM, Chapman EJ, Laubinger S, Smith LM, Dasenko M, Givan SA, Weigel D, Carrington JC, Plant Cell. 22:1074-1089(2010)., "MicroRNA gene evolution in Arabidopsis lyrata and Arabidopsis thaliana"
