ABOUT THIS RECORDspecies: Glycine max
miRNA family: MIR167
source: miRBase, original name: gma-MIR167c (MI0007210)
Taxonomy by NCBI:
Glycine max Glycine Phaseoleae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGAAGCTGCCAGCATGATCTG miRNA* GGTCATCTTGCAGCTTCAAT mismatches: 1 bulges: 1 |
pre-miRNA
TTTGAGAGGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTGGTAAATCACATACTTTTTTTTTTCTCACCTCTCATGCCTAATTTTTAAGCACCAGTCATTAGAGAAAAT
AATGGTGAAAAATCCATCTATTCAATTTTTTTTTTCAAATTCAAGGTTTCCAGTATGTATCACTAATGGTGAAAAAAGTGATGGAATTTTGTAGAACATG
GGTTAAATTTACTTTTTTTTTTTTTGAGTTTTCATTTTCTTCAAGTTTCTGAGCCAAGAAATAAAAGAGACTTATAAATTGGAATTAATACTTAAAGGAA
ACCCACCAGAAGGGCAATTTGGTTATCATAAGATGTGGTTTCCATCAGGTCATCTTGCAGCTTCAATCACTCAAT
dot-bracket secondary structure
.(((((.((((((((((((.((.(((((((((((((((((((.(((....(((((((....((..(((.((.....)).)))..))......))))))).
.....(((((((..................))))))).......(((..((((..(((....((..(((((.(((((((((...(((((((.....)).)
))))....)))))))))(((((((((((((((((.(((....((((((((...............))))))))..))).))))).....)))))))))))
)..)))))..)).)))..))))..)))..))))))))))))..)))))))))))).)))))))))))).))))).
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
degradome data
download this record
evidence: 454
deep sequencing data evidence
references
[1] Subramanian S, Fu Y, Sunkar R, Barbazuk WB, Zhu JK, Yu O, BMC Genomics. 9:160(2008)., "Novel and nodulation-regulated microRNAs in soybean roots"
TTTGAGAGGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTGGTAAATCACATACTTTTTTTTTTCTCACCTCTCATGCCTAATTTTTAAGCACCAGTCATTAGAGAAAAT
AATGGTGAAAAATCCATCTATTCAATTTTTTTTTTCAAATTCAAGGTTTCCAGTATGTATCACTAATGGTGAAAAAAGTGATGGAATTTTGTAGAACATG
GGTTAAATTTACTTTTTTTTTTTTTGAGTTTTCATTTTCTTCAAGTTTCTGAGCCAAGAAATAAAAGAGACTTATAAATTGGAATTAATACTTAAAGGAA
ACCCACCAGAAGGGCAATTTGGTTATCATAAGATGTGGTTTCCATCAGGTCATCTTGCAGCTTCAATCACTCAAT
dot-bracket secondary structure
.(((((.((((((((((((.((.(((((((((((((((((((.(((....(((((((....((..(((.((.....)).)))..))......))))))).
.....(((((((..................))))))).......(((..((((..(((....((..(((((.(((((((((...(((((((.....)).)
))))....)))))))))(((((((((((((((((.(((....((((((((...............))))))))..))).))))).....)))))))))))
)..)))))..)).)))..))))..)))..))))))))))))..)))))))))))).)))))))))))).))))).
SIMILARITIES| miRBase vvi-MIR167a: 0.00000000002 PMRD gma-miR167c: 2e-156 microPC miR167: 0.00002 | UniProt no hits RFAM MIR167_1: 0.000000000006 |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
degradome data
download this record
evidence: 454
deep sequencing data evidence
references
[1] Subramanian S, Fu Y, Sunkar R, Barbazuk WB, Zhu JK, Yu O, BMC Genomics. 9:160(2008)., "Novel and nodulation-regulated microRNAs in soybean roots"
